Les types de mesures hydromorphologiques (HY) issus du catalogue de mesures du troisième plan de gestion ont été affecté aux différentes masses d'eau. Cette attribution vise à prévoir pour chaque masse d'eau les mesures aptes à réduire les pressions et déficits affectant la masse d'eau et à mener ainsi à une amélioration de son état ou au maintien du bon état. La gamme des mesures hydromorphologiques comprend le rétablissement de la continuité écologique, la revalorisation de la morphologie des cours d'eau, ainsi que le rétablissement d'un régime hydrologique proche de l'état naturel.